Para verificar el correcto funcionamiento de los programas de control sanitario y validar los procesos establecidos en el Sistema APPCC, periódicamente las auditorías higiénico-sanitarias se acompañan de análisis de laboratorio que comprueben si los criterios analizados se ajustan a la normativa de referencia en cada caso.

El control analítico de las materias primas empleadas en los procesos de elaboración y de los alimentos ya terminados, conjuntamente con los análisis ambientales, de superficies y de las zonas de manipulación resultan imprescindibles para garantizar el correcto funcionamiento de los procesos productivos.

La Unión Europea ha establecido unos criterios sanitarios aplicables en materia de seguridad alimentaria para los distintos productos alimentarios que definen la aceptabilidad de los procesos y establecen los límites para considerar que los alimentos son apropiados para el consumo.

Existen normativas específicas para cada sector alimentario y para cada tipo de productos que establecen unos límites sanitarios en los criterios microbiológicos y físico-químicos aplicables.